開発運営としてもSサイズを購入できなかった人の受け皿としてM/Lサイズって想定はしてないんじゃないかなぁ。

確かハウジング実装前に吉田Pもサイズごとの金額を聞かれたときに

「M/Lサイズに関しては天文学的金額になりますので、ギルを貯めてる方、どうしても大きい家に住みたい方はチャレンジしてください」

というようなことを言ってたような気がしますよ。うろ覚えで申し訳ない。
こういう感覚で設定されてる金額ですから、開発運営的にはSサイズが売り切れてもM/Lサイズが残ってるから問題ないとは思わないでしょう。