結局の所、制限を作っても抜け道があると機能しなくなるんですよね。
「1人だけ所属のソロFCを同じサーバー上で複数持っている人」を制限するとすれば「じゃあ別々のサーバーで自分用の潜水艦ハウスを所持している人を4人集めて、サブキャラを相互に所属させればいいの？」という話になってしまいます。
プレイ内容で制限を付ける(例えば1週間のカンパニークレジット獲得数が一定数以上をハウス維持条件にする)等があると「その基準を満たせる複数ハウス所持は維持できて、基準を満たせない初心者が集まったFCは維持できない」とかなったら本末転倒ですし。

となると現状の「購入に制限をかける」「他人への譲渡を前提としたハウス取得を取り締まり、1人が複数のハウスを取得する機会を減らす」くらいしか有効な(問題が発生しない)手段としては無いんじゃないかなと思います。

後は本音と建て前はちょっと使い分けするとより良いかもしれません。
「ルールを厳密に守ってほしい！」は共感が得られそうですが「ルールを厳密に守ってほしい！（自分の欲求を満たす邪魔になる相手を排除できるから！）」は見ると「それはちょっとどうでしょう・・・」となりそうです。