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教育施設
ということでは、各職業ギルドはギャザクラ戦闘系問わず職業訓練も行っていると見ることができるので、多くがある意味学校であると言えるかなと思います。

錬金術師ギルド「フロンデール薬学院」
木工師ギルド「古樫の高堂」
シドとネロが同窓だったという「魔導院」

知識の蓄積を目的とした施設
というくくりだと、
  • 碩老樹瞑想窟の書庫
  • アルダネス聖櫃堂の壁面の巨大本棚
  • メルヴァン税関公社
  • ミズンマスト図書館

研究機関
「学業施設」というのとはずれていきますが、
「聖コイナク財団」
「巴術士ギルド≒メルヴァン税関公社」
「格闘士ギルド≒ミラージュトラスト」
「呪術士ギルド≒ナルザル財団」
※文字数制限のため編集させていただきました。

具体的な例をたくさんありがとうございます。
実例をもって回答くださるとすごく参考にしやすくて助かります！

やはり参考にしている時代などの影響なのか単純に学業だけの施設というものはまだ生まれていないのかもしれませんね。
研究機関が下部組織を使って才能を囲いこんだり、宗教施設が保護や地方教育（農民の指導など）を行っているような時代なんでしょうか

なんというか江戸時代でいうと寺子屋や藩営の大学はあるけど学問所はないような印象です。
もう少ししたら国民に広く教育を施す施設も出てくるのかも？

その前に各研究機関やギルドが持つ歴代の成果を開示させて体系化しないといけませんね。
ただ教会などの宗教団体の場合は上記の条件に縛られないので、既に各地の宗教施設で教育を行っている可能性はあります。
そのかわり強い権力的背景が必要になるでしょうから、可能なのはイシュガルドくらいかなとも思います。