運営側がユーザー間の問題に入り込めるわけないですから、
みなさんのモラルに任せますというのは当然のところです。
なぜならそれが個人の自由だからです。
問題解決は個々人が話し合って解決するしかありません。（ただし違法性のある行為は別。）
仮に運営がユーザー間の問題についてこと細かく制限かけるのであれば、
認識をはき違えてるとしてクレーム付けるところです。

CFはランダムでマッチングするシステムです。
様々な方が入ってくるのは仕方ないと思います。
多少のリスクは承知で使うべきでしょう。

装備により進行上に問題がある方については、
できれば事前に呼びかけを行い、
それに応じず装備変更をしなかった場合に
キック投票や解散投票を使う、
あるいは自身が抜けるしか方法が無いでしょう。

自分が気に食わないからという理由だけで
他人に価値観を押しつけてしまうのは、
それこそハラスメントです。
どうしてもいやならマッチングを避けるため、
知り合いや、PT募集で共通意識（錬成装備の有無等）を持った人を募集するのが良いでしょう。

複数サーバー間で適用されるBL機能の導入はあっても良さそうです。
しかし現実的ではありません。
マッチングが極端に遅くなる可能性があります。
PTあるいはアライアンスで、
1人でもBL対象が居るとマッチングが出来なくなるため、
マッチングに異常に多くの時間がかかる可能性が生じます。
それも、同システム利用者が増えれば増える程マッチングしない現象が起きると考えられます。
また運営側もサーバーシステムの関係やコスト面からすぐさま導入できるとも考えられません。

以下提案です。

運営主導でもユーザー主導でもかまいませんが、
ガイドラインは設定しても良いかもしれません。
全員に守らせることは出来ないでしょうが、
無いよりはマシです。

IL上システムを騙しマッチングし、
ID突入後全身錬成装備によってクリアが出来なくなるという問題については、
入ってからILを下げる装備が出来てしまうことにシステムの不備があると思いますので、
CFルレ等でマッチングし、ダンジョンに突入している場合に限り、
突入時の装備から変更出来ないようにする縛りを導入するのが良いと思います。