開発には忍者を弱体化する明確な理由なんてないんじゃないでしょうか？

竜騎士のDPSをあげることによるコンテンツの難易度の低下を防ぐために、
忍者のＤＰＳを下げるという調整に走ったんじゃないかなと思います。
実装直後ということもあって、新職の忍者は調整の理由付けのしやすいですし。
だから「開発の想定外」というあいまいな言葉を使ったんだと思います。

もしかしたら「開発の想定外」の早さで突破された真成編も理由に入っているのかもしれませんね。