スレッドに目を通してみて同じ意見があまりなかったので。

巴術士はこのままでいいと思っています。
１クラス１ジョブのクラス、１クラス２ジョブのクラスで仕様を分けることで将来的な住み分けが出来ています。

１クラス１ジョブは１から５０までレベルを上げる手間が必要な代わりに、簡単に変更できる。
１クラス２ジョブはレベルアップの手間がない分、軍票１万でフィジカルボーナスを割り振ることができる。

MPとTPの仕様が違う、ジョブによって戦闘の仕様が違う、それと同じように巴術士と他のクラスには仕様に大きな差があり、メリットとデメリットがはっきりと分かれています。
５０まで上げてしまえば１クラス２ジョブのほうがデメリットが大きくなるのは確かにありますが、フィジカルを分化してしまうとデメリットが消えます。
それはそれで、ゲームバランスとしてはおかしいと思います。
巴術士を選んだのであれば、レベル上げの時点でメリットをすでに受けており、カンストしてからデメリットを享受する。
このデメリット部分の緩和などについては議論の余地はあると思いますが、フィジカルボーナスの分化は個人的にはありえないと思います。

私も学者と召喚どちらもやりたいと思いながら巴を初め、現在は白や学者に落ち着いています。
召喚を本気でやりたくなったら、普通に軍票１万使って変更するだけです。
軍票１万を稼ぐのは簡単ですよね。FATEやっていたらすぐにカンストするので消化しに街に戻るくらいです。
もう少し軍票が安くなれば気軽に切り替えられるのになーとは思いますが、フィジカルボーナスを個別に欲しいというのは正直やりすぎな気がします。