そもそもその突破率って4層に対する「挑戦回数」がないので比較に使える正しいデータであるかすらも怪しいでしょう。
例えば、例えばですよ？
ナイトが4層に挑戦した総回数が100万回に対し、戦士が4層に挑戦した総回数が50万回
のような試行回数だった場合、ナイトの方がクリア率が高くなりやすいのは理解していただけるかと思います。
もともとナイトの人口は戦士に比べて多いわけですし、上記のようなあからさまな偏りではなくともある程度の偏りはあるはずです。

また、ガチャ結果が暗ナに偏るのはおかしいといった指摘がありましたが、このデータって固定除外してないですよね？
少なくとも固定PTにおいては早期攻略勢の影響もあって暗ナ率は高いと思っています。
というか、案外固定のデータ抜いたらクリア率の差って少なくなりそうですけど、そこのところどうなんですかね？

＞そこから「3層クリア者中ナイトが34%クリアし戦士が23%なのはジョブ性能差ですよね」という話ですので評価は無関係で実績になります。
タンク以外のジョブ構成、中の人の腕前、装備のIL、食事や薬の使用タイミングや選択などその辺りが「全て同じ」だったらその評価でいいと思いますよ。