RPGプレイヤーってのは全てせかいかんがーであるべきと思う人なので、
運営方針云々よりは、現状をどう理解するかという方に興味があるのですが……

グランドカンパニーでもらえるマイチョコボは「イシュガルドからグランドカンパニーが輸入してる軍需物資、もっといえば、兵器」という扱いだと思うので、グランドカンパニーがチョコボを仕切っている以上、「現在の」方針に役立つ人材かどうか、というグランドカンパニーの判断に従うしかないかと思います。
「トトラク一回1000GCS、ミスリルインゴットx3が13GCS」とかいう、ギャザクラを舐めきったバランスを見れば現在のグランドカンパニーが冒険者ギルドから発掘したい人材がどんなものかというのは明らかとも思えます。あるいは、グランドカンパニーのギャザクラ枠は、えらそうな商人がコネやお金で押さえてて、冒険者にはなかなか回ってこないのかも知れません。
グランドカンパニーの人材管理能力が整って、あるいは戦況が変わって国力が削がれて、「将来の」方針に役立つ人材としてギャザクラこそが評価される、という日が来てもよいとは思います。

レンタルチョコボとか、チョコボキャリッジとか、民間向けチョコボを入手するルートも世界観的にはあるんだとは思いますが、以前から「数が揃わないから」と言われていましたし、冒険者に配布できる状態ではない理由は想像できます。「貴重だから１匹１億ギルね」とかいうこともあるかも知れません。
金額や条件はよくわかりませんが、「法外なお金持ち」とか「力づくで奪い取る海賊」とか「全幅の尊敬を受けてる幻術士」とかが、今の世界でどれくらいチョコボを利用してるか、とかを想像すると参考になるように思います。
軍用じゃない、民生用チョコボだと、攻撃を受けると死んじゃったり、二度と戻ってこなかったりするかも知れません。「呼べばすぐ来るけど一回1万ギルで、降りると自分の厩舎に戻る乗り捨て」とか「降りるとその場に留まって、目を離すと逃げたり魔物のエサに……」とかいうのが民生チョコボかも知れません。

「ギャザクラLv40クエストとかで『その名を馳せ、轟かせ』てイシュガルド入城が許されてそっちではバトル系では入手できない『足が遅いけどカバンや宅配代わりに使える荷運びチョコボ』がもらえる」とか、「ギルドへの貢献度によって、ギルド管理の貴重な数匹のチョコボの今週の使用権をギルド上位者で奪い合う」とか「ほんとに１億ギルで買える」とか「レンタルチョコボに兵装を付けてチョコボだけで戦闘してくれるクラフター専用技能」とか、抜け道とか代替物があってもよさそうには思います。