自由度が高いと、万能勇者キャラばかりになるというのは、システムの問題よりも、プレイヤーの意識の問題だと思います。

自分はこういうキャラクターでプレイしたい、こんな戦い方がしたい。といったものが無い。あるいは効率を最優先してしまう、あるいはさせられるという状況がもたらすのではないでしょうか？

システムから与えられた「個性」がなければ、「個性」を表現できないのなら、結果は同じです。クラスが同じなら、ステータスもスキルも装備も同じになります。これで個性があるといえるのでしょうか？