私も常々完全なる中古品が出回るのはクラフターにとってつらいなと考えています。
私は耐久度も常に99%まで回復するのではなく、段階的に回復する上限が下がって、最終的には修理してもどうしようもないね。ってくらいの状態まで変化してもいいのではと思います。
HQ製作のためのNQ品の意見で考えましたが、現状のシステムだとそのレベルで強い道具を使用し、レベルがあがったらそのレベルで強い道具へ変えていきますが、もちろん、やっとこのレベルになってこの道具を使用できる！という楽しみはありますが、もうひとつ、今まで使っていた道具がとても好きだった場合すこし悲しいところがあります。（これはFF11のときも感じていました）
ひとつ案として、修理するときの素材や、修理自体もミニゲームを導入するなどして、うまく修理できると"多少"性能が上がるとかあっても楽しいかもしれません。

私としては修理はけっこう道具を使っているなという感じがするので好きです。なにかその修理する意味をもっとつめていけるとよいのではないでしょうか。