都市間移動のコストを極限まで減らしたとして、人口格差がなくなることはないでしょうね。今後のエリア拡張も考えればシャウトを鯖全体に届かせるというのは現実的ではありませんし、「移動する」という手間がかかる以上、その時点で一番便利な場所に人が集中するのは避けれらないと思います。各都市のリーヴに特色を出した場合でも、リーヴがこなされないという問題は解消しますが、普段はウルダハに居てPTが集まったら別都市に移動するか、別都市に現地集合になるだけかと思われます。
　MO系やロビーが複数あるゲームをやったことがある人には分かると思いますが、機能面をいくら平坦にしたところで（選択肢の一番上にある、とかの要素はありますが）人が集まる場所というのは必ずできるんです。

　人口格差は多少発生するものとして受け入れ、都市間の移動はエーテからエーテへアニマ０か、R30辺りで飛空艇開放クエ用意して０ギル（クエ完了までは有料）、この辺りまで移動コストを下げて、カンパニーの要素としてLS用のハウスをどこか１つの都市に持てるようにしたら、ある程度分散されると思いますね。
　機能面だけでは必ずどっかに集中します。移動の煩わしさを無くした上で、嗜好面で差をつけるしかないかと。