メインクラスに何らかのアドバンテージを付けることと、ジョブ差別はまた別だと思いますよ。FF11の場合、ジョブのバランス調整の放置期間が長くて、ひどい場合は数年放置とかだったですが、FF14はさすがにそこまではひどくはならないでしょう。

あと、自動マッチングが導入されたらサーバ側で適当にジョブ振り分けてくれるでしょうから、あまり最悪のシナリオばかり想定して議論するのは非現実的だと思いますけどね。