現実世界だと配達をお願いしたとき、消費税のほかに送料って取られますよね。
代金引換になると、さらに料金とられます。速達にするとさらにさらに料金が。

なので別におかしいとは思いませんね。

でも、１つ案をだすとするならば

この配達してくれるシステムを色々な場所（エーテライト、簡易施設、リテ呼び出しベル）に設けて
手数料をリテ街入り口では１％　ベルでは３％　簡易施設では５％　エーテライトでは１０％
という風にしたらどうでしょう。
レベルがあがったけど装備買いに街に戻るの面倒だしPTメンバーにも迷惑かかるなぁ、１０％ぐらいの手数料ならいいかな。といって近くのエーテで買い物済ませられたりしたら便利じゃないかと。
もちろん、その地方の商品サーチ限定で（ザナラーンならウルダハのみ。モードゥナ、クルザスは手数料２０％に割り増しで3国選べるとか）

リテイナー街に行って直接購入するというのは、手数料がかからないだけではなく、なんとか機能（名前わすれました、、、）によって、リテが売り物を装備してくれてるので買う前に見た目が見れるというのもメリットだと思います。
でもそれだとちょっとインパクトが小さいので、リテ街に直接買いに来たとき限定で売り物を試着できるシステムなんかを用意してあげたらどうでしょう。