ガイウスがかっこいいと思えるのは、暁や三国が蛮神やら内政でゴタついてるところしか見せられてないところへ、
「救わねばならん」と最初から最後まで自分なりの信念に従っていたという一貫性があるからでしょう（あとぶっちゃけガイウスの中の人が大塚明夫氏だったことも多少なりとも影響あるかと思います）。
「帝国の下で働きたい」というのと、「ガイウスの下で働きたい」は意味合いが異なってきますので、その辺はっきりさせてはいかがですか。

あと「帝国自体」に目を向ければ、メインクエ中にたまに描写される帝国軍兵士などの行動を見ていても、お世辞にもエオルゼア三国よりも人間性があるとは思えません。
また内乱の終息と共に新皇帝の座についた人間は、遺体の棺桶にツバはくような人間でしたし。
メインクエで描かれるボリュームと各シナリオ描写の密度で言えば、エオルゼア三国＞＞帝国側になる為、良くも悪くもエオルゼア側の印象が強くなるのも当然です。
むしろここの対比を濃くするために独善的ともいえるガイウスの価値観だけはやたらと深く描いているわけですから。
ですがまあ、帝国の行っていることは紛れもない「侵略行為」であるということはお忘れなく。

最後に、世界観について語る場合、主観だけではどうしようもない部分が出てきますから、もう少し「開発が意図しているであろうシナリオの描写」と世界観の相関関係にも目を向けては如何でしょう。

※ちなみに私はガイウスは好きなキャラなので、ガイウスの下なら働きたいかなあと思っています。