現状でも事前に4人で組んでいけばどんな構成でも行ける(※)ことですからね。

・欠員が出た場合のみ変更可能
・戦闘中のクラス変更不可
・クラスレベルがIDの下限値未満および非戦闘クラスへの変更は不可
・途中変更した場合はNEED権利は退出まで消失(全クラス/ジョブがNEED可能なアイテムを除く)
・途中変更した場合はその回はクリアしてもクラス/ジョブが関係するクエストやアチーブ等の条件達成とはみなされない
・途中変更した場合はルーレットや不足ロールボーナスの対象では無くなり、ギルや各種トークン等の報酬も減額される
といった制限を付けておけば(ぱっと思いついたところだけですのでまだまだ穴はあるかと思いますが)途中でクラス変更できても大きな問題は無さそうですし、変更できればアーマリーシステムらしさに繋がるので良いのかなと。
あと補充の際にも補充したいロールが選べるとなお良いと思いますね。

※ただし4人で行くと今度は途中補充ができないという制限もあるようですが