似たような件が無いかサポートセンターを調べて見ましたが、以下の回答しか有りませんでした。

旧FFXIV製品のレジストレーションコードでも「新生FFXIV」をプレイできますか？
はい。可能です。
「新生FFXIV」となった後でも、「旧FFXIV」製品に同梱のレジストレーションコード（未使用）で、新たにプレイを開始することができますので、ご安心ください。
現在すでにスクウェア・エニックス アカウントへレジストレーションコードを登録して「旧FFXIV」をプレイしていた方も、そのまま「新生FFXIV」をプレイしていただけます。
質問番号: 67492
これによると、旧ＣＥ版のレジコも新生で使えるようにしているのですね・・・

Ariruさんの場合、旧通常アカウント・旧ＣＥアカウント・新生ＣＥアカウントの３つのアカウントを保有している状態になっています。
このケースで特典入手するには、現状使用している旧通常アカウントを、ＣＥにデジタルアップグレードをするしか有りません。
（デジタルアップグレードは2300円ぐらい）

とりあえず、サポートセンターに相談して特例措置をお願いするしか道は有りませんなぁ・・・