キー入力に関してです。
長年続くゲームですので今更の変更は難しい所はあると思います。

PCでキーボードに「はい」と「決定」に当たるキーがありません。多分ありませんよね？
コントローラーには決定ボタンがあります。
キーボードにはないため、常にマウスを動かしてクリックしないといけません。

例えばグラカン納品では、コントローラーならボタン連打で済むところ、
PCだと各ウィンドウの間をカーソル動かしながらクリックしないといけないため、
スピードが全然違います。ちょっとしたストレスです。

古くから（FPSブーム以前から）PCゲームでは、リターンは「決定」であり、
YとNはそれぞれ「はい」「いいえ」に割り当てられていたものです。
操作感（スピード）の差をキー割り当て見直しで埋めてください。

また、今後10年を考えたとき、
歳を重ねるほどカーソル操作が意図した場所に一発で合わなくなります。
リターンで済むところはリターンで済むよう、再考願います。