HUDレイアウト３と４を使用すると、ホットバーの配置、編集がおかしくなる

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確認してみましたが、ホットバー10とEXにはキー設定が入っていましたが、1～9には入ってないですし、そもそもここを触った事はほぼないです。

「ホットバー上切り替え」にも何も設定されていない状態でしょうか？
「ホットバー上切り替え」を1回実行するとホットバー1はホットバー2に切り替わるようになっていますので、何らかの操作で意図せず1回分「ホットバー上切り替え」が実行されてしまったのは間違いないかと。

もし、「ホットバー上切り替え」にも何もキーバインドが設定されていない場合は、_Luna_さんが説明してくださっている「セット切り替えボタン」が表示される設定になっていて、その「セット切り替えボタン」の上矢印をどこかのタイミングで押してしまったという可能性がひとつ。

そしてもうひとつ、「/hotbar change next」または「/hotbar change 2」のテキストコマンドが何らかの形で実行されてしまった可能性があるかと思われます。

理屈として良くわからないのですが、ここに設定が入っていれば、HUDのセットを1から4に切り替えるだけで、今回のような事が起きると言うことでしょうか？

はい、その通りです。
HUDレイアウト1〜4のセットでは、ホットバー1の切り替え状態が各番号ごとに個別で保持されます。
おそらくHUD4を最後に使用したときに既にホットバー1がホットバー2に切り替わってしまっていたのでしょう。
HUD4にはホットバー2に切り替わった状態が保持されていることになりますので、その状態でHUD1からHUD4へ変更するだけで、ホットバー1はホットバー2へ自動で切り替わります。
そしてHUD1にはホットバー1が切り替わっていない状態が保持されていますので、再度HUD1へ戻すとホットバー2に切り替わっていたホットバー1がホットバー1に戻る……という現象が発生します。
こちらは仕様上正しい挙動になると思われます。

……ということで、HUD4のホットバー1の表示内容をホットバー1に戻した上で、

・キーバインド設定のホットバー切り替え関連の設定で必要ないものを全て外す
・キャラクターコンフィグのホットバー設定で「セット切り替えボタンを有効にする」のチェックを外す
・使用しているマクロに「/hotbar change next」または「/hotbar change 2」のコマンドが含まれてしまっていないか確認し、もし紛れ込んでしまっていたらそのコマンドを削除する

以上の設定を行って意図しないホットバー切り替えが発生しないようにすれば、今回の問題は万事解決できるかと思います。
ぜひぜひお試しください。