4.NPCの修理費用を大きく引き下げます
　（1アイテム当り装備アイテムのレベルに応じて100G/500G/1000G/2100G/5000G固定）
5.ダークマターの販売コストを引き下げます
　（G1/G2/G3/G4/G5 = 50G/300G/700G/1500G/3500G）
ここまで価格差が縮まるのであれば、NPC修理は今までどおり75%で良いのではないでしょうか。
配置増加、耐久劣化の仕様変更とあわせると、それでも充分実用レベルだと思いますし、PC修理との差別化もそれなりに見いだせます。

「錬金／調理以外のクラフタークラス」は、クラスに関わりなく、すべての装備を修理できて構わないのではないかと思っています。
「行き過ぎた単純化」はつまらないと感じます。やはり修理は各クラフター毎が良いと思います。