私は装備品の特殊効果については、あまり必要だと思わない派です。
（正直、意味のある性能だと絶対に「それありき」になり使い分けで持ち歩かないといけなくなるのが目に見えている）

とはいえ、確かに面白みに乏しいという意見もわかります。
他の方もおっしゃってるように特殊効果を入れるとしたら「クラフター生産品に対するマテリアによる特殊効果付与」でしょうね。
胴にしか使えない、腕にしか使えない、といった制約を設けた上で特殊能力を付与するレアマテリアを登場させれば、IL・基本性能の高いドロップ品と特殊能力で一定方向に特化させたクラフター装備とで住み分けが出来るかもしれません。
レアマテリアは、FATEやモブハントなどで超低確率でレアドロップする、とかにすれば旧来MMORPGが好きな人も満足できるかもしれません。