それありき〜とかバランス調整が〜とかいう話であれば、
レイド(バハムート・アレキサンダー零式・極蛮神)では、
効果無効にしちゃえばいいんじゃないかなあ…
(昔のMMORPGでも、”レイドボスには無効”な装備の特殊効果は普通にありましたし。)

普通のIDで、装備の特殊効果まで気にする人は少ないでしょうし、
装備を自分流にカスタマイズする楽しみは、
(自己満足レベルであっても)あった方が良いと思いますね〜