まだ完成してないですけど、ゼータのクエストの導入を読む限り、覚醒後のZWは持ち主の特性に合わせて成長するみたいですし、
3.0後もクエスト追加は無いにしても、一定の方法（例えばアプデ毎にマハトマを繰り返す）で少しずつIL上げていくことが出来る様になるのかもしれませんね。

ZWの強化は継続して可能だけど、ZWストーリーは終わっていて、
3.0には3.0独自の武器強化ストーリーが新しく始まるのではないかと思います。