消える、っていうのは帰還してしまうんですか？それとも忽然と消えるんですか？
唐突に帰還しているのであれば、ペットの帰還条件に抵触しただけだと思いますが（巴術はたいしてやってないので具体的にどういう条件で帰還するかまでは把握してませんけど、、バディチョコボみたく時間で帰還はしないよね）
もし忽然とほんとうになんの条件もなく消滅しているのであれば不具合かと思います。。
どーいったタイミングで消えるのか気になるところですね。
なかなか再現性が高いようなので、実際に消える場面での挙動や状態を詳しく書いてもらえたら、ほかの人も検証してくれるかもしれませんよ。

とりあえずフェアリー召喚してマウントにのってしばらく放置してますが今のとこ消える気配ないです。