自分も同じ症状で悩んでいます。
ホットバーに登録されているスキルは、リキャスト時間や、連打しても動作が完了するまで次の入力が無効のものが多いのですが、
例えば、
『/p　こんにちは』
と、いったマクロをホットバーに登録してボタンを押すと、
チャットに
『こんにちは』
『こんにちは』
と2回表示されます。

つまり、ボタンが2度押された状態になっている状態になります。
他のゲームでは同様の不都合は見られなかったので、FF14に限ってのエラーかと思われますが、
コンフィグの設定で何か影響があるものがあるのか、現在いろいろ見てるところです。