ハイアラガン装備ってそもそも次回バハムートダンジョンが追加されたときに攻略する時の基準装備になるであろう存在だと思うのですが違うんですかね？
今回の侵攻編での１～２層あたりまでの攻略基準アイテムレベルが90（邂逅編アラガンの装備IL）あたりで攻略されているようです
それを考えると3つ目のバハのスタート時はIL110と予想しています
それまでになるべく装備揃えて待っていてくださいって事だと思いますので「使い道が無い」ということは無いと思います