設定があってもなくても、それがよくわからんなーと思われたら作ってる側はどうなんですかね…
正直、邂逅編1層とか5層の蛇やタニアもなんでそこにいるのかよくわからんし、
蛇だったり飛竜の形をしている必然性もよくわからんし、バハムートはそういった部分の作りこみの甘さというか粗が目立ちませんかね。

テーマ性が薄いというかなんというか…あれなら全部メカとか玉のがまだマシです。
「ああ、ここはそういうダンジョンなんだな」という納得感が引き出せます。
それでも、スターウォーズならともかくファイナルファンタジーって名前で最後のダンジョンの敵全部メカです！って言われたら反感でるでしょうから難しいですけどね。