マウント騎乗中のNPCとの会話については、以前のプロデューサーレターLIVEだったかで吉田P/Dご本人が、
「NPCを見下すようなイメージがあるので、騎乗した状態での会話はさせない」
という主旨の説明をしていたと覚えています。
いつの時点での発言だったかまでは正確に覚えていないのですが、新生版のβテストの頃ではなかったかと思います。
まさしくスレ主さんが書かれている「チョコボに乗ったまま人に・・・」の部分が理由ですね。

会話に関してという部分では、自分は今の状態で取り立てて不便とは感じてはいません。
仮にマウント状態の会話が可能になった場合、ここ最近のシーズナルイベントやパッチ適用後のクエスト関連NPCなどに、
マウント騎乗状態で一斉に群がるだろうな～って考えると、イベントものなどは一過性なできごとかもしれませんが、
様々なマウントがNPCを取り囲む姿は見た目邪魔に思えますし、NPCが判別しにくくなるような気もして、
今の状態のまま方がいいかもしれないとも思えるのです。