ゲームなのですから、ゲームの中に問題を持ち込んだらどうですかね？

つまり、世界観に結婚の価値観も盛り込んじゃうと。
ちょっとエオルゼアの神々の設定を詳しく知らないので、適当に例を出しますが、

基本的に人々の価値観としては同姓間の結婚はＮＧ。
地神ノフィカの影響が強い地域なら「産めよ増やせよ」が基本だから、同姓間の結婚は特に禁忌。
愛神メネフィナの影響が強い地域なら「本人が幸せならいいじゃん」ということで、密かに許可してる。

みたいな感じに。もちろん、世界観設定スタッフがうまくまとめてくれることを期待してｗ