正しい理由かは不明ですが、武器をもとにジョブ(クラス)をシステムとして認識してるからじゃないでしょうか。
一時的にでも強化を行った段階で武器が無くなってしまうためできないのだと思われます。
アイテム取得で武具をアーマリーチェストではなく所持品に入れる設定にした際、
新しいアイテムとして手に入った強化武器がアーマリーチェストに入らないため、自動的に装備できないのも理由だと思います。
そもそもアイテムID違いますからね・・・