零式装備にレアリティを持たせるためではないかと思われます。
たぶん装備のヒエラルキーとして零式装備＞幻想装備というものを崩したくなくて（ステもILも関係なく）
「アクセを470にしたかったら零式でドロップ品をとってね、
　幻想のIL470にするなら2層クリアしてね」っていうことだと思いました。

あくまで零式は零式装備を取るもので、幻想装備は代替品であり
強化素材は更に上のコンテンツを攻略するための補助という感じなのではないでしょうか。

3層に挑戦するためにアクセの強化素材があり、4層に挑戦するために防具と武器の強化素材があると
私は解釈してました。

ご意見には特に反対ではないですが、そういう意図があるのかなということで書き込んでいます。