要するに、実装当日から高レベルクラフタ集団が新式HQを大量に作って市場制圧の現象が起こるという予想でしょうか？
参加するメンバーの能力数値の制限（作った経験があるかでもフィルタはかけられるけど）をすればお金持ちの独占にもなるでしょうが。

レシピの秘伝書○巻への追加とか秘伝書自体の追加とか、集団作業で使用する道具の作成・取得制限とか、いくらでも制限はかけられます。
ご賛同頂いている高難易度についてはコンテンツに厚みを持たせる意味でもある程度のステップを準備できるでしょう。

偏った恩恵にならないようにする工夫は、細々としたことで後付けできるとおもいます。
クラフトに時間をかけてHQをある程度の数を作るというのは、リアルの時間を捧げよということなのでしょうか？
リアルの時間を切り売りしてゲームの中の運転資金を捻出できるのは、ずっとゲームできる人です。
暇の少ない知り合いを呼んできて、みんなでがっつり生産して成果物を分配し、後は遊ぼーというはいけないのでしょうか？
カレライスは沢山作った方が美味しいのです。
楽して薬や食事を作りたいと言うよりは、それにばかり時間を取られるゲームスタイルはイヤだといいたいのです。
作ること自体は難しくないじゃないですか。　禁断だって道具だってマクロだってちょっと外部HPを参照すれば達成も入手も困難ではありません。
だから、作れる人作れない人の格差というものは、ほとんど、きちんと調べてきたかどうかの差くらいしかないのに。
個々のプレイヤーが全エオルゼアでマクロを連打せず、集団クラフトで数を作れる方法を導入するのはシステム的にも軽減にはならないでしょうか？
装備品では収益に限界があります。　それこそ高難易度集団クラフトで唯一の制作物という方向でもいいでしょう（報酬の分配方法は未解決ですが。　現状でクラフトで出る数値を完成まで積算して、個人の売却価格に対する取り分を設定するくらいしか、まだ思いつかないのですが）

消耗品をある程度の数を作る必要もありますが。

低レベルでも職種と人数を集めれば数（この数の倍率の調整が必須になると思いますが）を作れる量産型集団クラフト
高レベルの人数を集めれば高難易度集団クラフト
この二つを分離して調整する方向で（でも集団クラフトでできる2つのこととして切り離したくないのは、高難易度だけだと参加できる人がカンスト勢になるとおもいます。　成功確率を上げるために、レベルの低い人は排除されるためにシステムに悪印象を持たれ、こちらの方が独占が起きやすいと思います。　最初量産型の集団クラフトをやっていて、能力と装備で数値が上がれば高難易度にも呼ばれたり、人を集めたりすることができるようになる）、さらに、数を増やせる方は対象になる製品を制限すればいい。　倍率を落とせば良い。
人数が足りないときに訓練を積んだリテイナーを助手として頭数に加えることができるなら、さらに要素は増える（戦闘に自分の鍛えたチョコボが加わる感覚で）。

少々反発的になってしまったことはお詫びします、2行でアイディアを屠られるかと思ったので。
十分調整をする準備があれば、量産型集団クラフトの方も受け入れられないでしょうか？
当初は、クラフタ金策とプレイ時間を確保する事を両立する程度の目標しかないわけですが。　みんなでどこかに行こうって時に今週分があるからってゴリゴリクラフトしている人が居る空気はまずいんじゃないでしょうかね。