イシュガルドにはグランドカンパニーがありませんから、カンパニーチェストがないのは当然でしょう。
ただ、今後イシュガルドのエリアが追加や拡張されることがあれば、三国の大使館のようなものが出来て、そこにチェストが置かれるかもしれませんね。