すいません、伝わりにくかったようです。
サーバーとのやり取り方法を変更する必要がある仕様変更の度に調整はしないといけないので
「これでサーバー改修終わり」という状態にはならないと思いますよ
１つの事案の仕様変更が終わる＝それについてのサーバー改修はひとまず終わりということになるかと。

つい開発側での言い方をしてしまう運営も悪いとはおもいますが・・・。
中途半端に「サーバー改修」という単語を使うよりも「根本的な変更が必要になるからちょっと時間をくれ」でいいのではないでしょうか？