状況理解しました．（ちなみにパッドユーザーですので念のため）
自分が試していたのはＦ12のＮＰＣ選択と，NUM0の決定キーの関係です．

「その直前に選択していた物が選択されてしまう」
という部分が理解できなかったのですが，自分でいろいろ試したのと，
ohsanさんの補足でやっとわかりました．

未選択状態→Ｍ（マップ開く）→Ｆ１２でＮＰＣ選択→NUM0で決定→
と操作したときにＮＰＣに対して決定操作したいにもかかわらず，
マップ窓側の決定操作になる，ということですね？

自分の場合は
未選択状態→Ｍ（マップ開く）→「移動」（マップが非アクティブになる）→
Ｆ１２でＮＰＣ選択→NUM0で決定→ＮＰＣに対して決定操作できる
というプロセスで回避してます．

もっとも，パッドで操作しているのであまりウィンドウを立ち上げたまま
その他へアクセスする操作は多用しませんが＾＾；
（モブハンとかＭＡＰを非アクティブで立ち上げながら～くらいかな）

マウスの左クリックはざっくり言うと「アクティブ切り替え＋選択」の汎用コマンドで
Ｆ１２は「直近のＮＰＣ選択」のみなので仕様どおりといえば，仕様どおりなんでしょうね．
ほかのパターンで問題が起きなければ，
このＦ１２の機能にアクティブ化まで入れてしまってもいい気はしました．