うまく説明できれば良いのですが、しばらくおつきあいください。

まず、週に一回のみ階層をクリアできるシステムを何度でもクリアできるようにしてください。

8人固定PTが定石となり、限られたプレイヤーでのみ進行するのが最も多い状態です。
FCやLSであっても8人しかいないコロニーは少ないと思います。
あふれた人員は自ずと不定メンバーを探し毎回プレイヤースキルに悩まされるわけです。

一度クリアした階層も再突入できれば、8人以上のメンバーを抱える組織がその組織力で力を合わせて活動できると思います。
ですから、再突入を検討していただきたいと思います。

さて、ここで問題になるのがドロップ品の複数取得、ギル・アイテムなどの取得増加の問題です。
これに関しては、制限を設けることでその過剰流出は抑えられると思います。
ロングライフコンテンツとして、クリスタルタワーや３蛮神装備などもそうですが、ウィークリー方式に変更する方法です。

各階層クリア後は、取得の有無にかかわらずドロップ品のロット権停止、モンスターから得られるお宝の取得停止の処置はいかがでしょうか？。

ワールド内へのエンドレベル装備取得率は変わらない。
未クリアの方やなかなか上手に行かない方々は高スキルプレイヤーのサポートを受けてクリアできる。
最終邂逅編５については、プレイヤースキル上げとしてエクストリームコンテンツを楽しむことができる。

ワールド内での攻略組織として、FCおよびLSでの多人数攻略の基礎を構築することも可能かと思います。

FCでのアライアンす構成は素晴らしいシステムですが、毎回スキルバランスが変わるようでは勝てないエンドコンテンツも構想にあると思います。

ドロップ品や突入条件などでコンテンツに制限が加わったり、過疎化しかねないしすてむにはテコ入れをしてはいかがでしょうか？
３フルアラ（５４人）で戦うエンドコンテンへの布石として（これぐらいはできるはず）、システムの変更を検討してください。

拙い文章ですが、どなたかに伝われば幸いです。