チョコボを実装するなら、ウルティマオンラインのペットのシステムが完成度抜群ですね。
あれをそのまま持ってくればいいかと。野生のモンスターで、今までの自家用チョコボの代わりを果たしてくれるもの、
このようなのがあればもっと面白いです。ララフェルならドードーで丁度いい(サイズ的)。

また、無理に乗り物に拘る必要もなく、チョコボや飛空挺に拘る必要もありません。
主人公はどのクラスであれ、冒険者。NPCと違ってワープという移動手段を持つ代わりに乗り物に乗れない、でもいいかと。

最後に、アニマ無制限に問題はありません。ワープポイント同士の間が非常に長いことにお気付きでしょうか？
キャンプからゲートに行くことすら異常な難度のポイントが多いですし、移動に関しては街の中でも辛過ぎるくらいです。