「帝国の航空戦力といかにして戦うか」

ではなく、「そもそも帝国の航空戦力はエオルゼア攻略に必要なのか」で考えてみました。
結構まじめにガイウス視点で考察してみましたので長文になりました。

航空戦力でエオルゼア都市を一方的に空爆したところで、
帝国のガイウスにとっては勝利にはならないので、そういうシチュエーションにはならないと考えます。

理由として以下があげられます。
・帝国はまず†時代の10年前に、オープニングムービーの闘いで、竜族に痛い目にあわされている。
　よって、エオルゼアは手強くその攻略対象は人類だけではないことをガイウスは認識し慎重になっている。
　より調査した結果、クリスタルが豊富な土地柄の影響か蛮神・精霊が多く存在し、
　エオルゼアはだいぶ特殊で価値がある土地であることをガイウスは把握した。
　また、刺激することで蛮神が増えすぎることを懸念し、刺激を与えすぎても不味いと判断した。

・帝国将軍ガイウスは調略・洗脳を持って国を落すのを得意とし、
　傷つけずに手に入れることを信条としている。（首脳部は排除するが）
　よって、調略が通用しない存在（竜族・蛮神・蛮族・精霊）が闊歩するエオルゼアはやりずらい。
　逆に都市単位だとエオルゼアは精霊信仰のグリダニアを除いて、海賊や商人の都市なので組し易い。
　アラミゴに隣接するのが調略が難しいグリダニアだったこともガイウスには運が無かった。
　そのため逆に、精霊をけしかけてグリダニアを攻略するような回りくどいシーンが幾度か見られました。
　精霊の加護を失えばグリダニアは降伏に応じる可能性が高くなりますから。
　ネールのせいで、グランドカンパニー都市同盟という拠り所ができて通用しなくなりましたが・・・

・ガイウスは、その信条からくる慎重さからスピード感が損なわれており、
　ここ10年成果が出ていないことでアラミゴ制圧までは英雄だったが、
　以降目立って働いていないため、帝国本土では評価を落とされ冷遇されている。
（帝国には他にも同格将軍が複数おり、その中にはネールのようにガイウスを邪魔と感じるものもいるはず）
　また帝国本土・占領国へ自身の信頼の置ける手駒を配置しないと自身の立場も危うい状況にある。
　よって、エオルゼアで使える予算や使える人手が意外に少ない。

上記をかんがみて、
そもそもガイウスは純粋な武力（航空戦力含む）で攻め落としてしまうという選択肢が無いと考えられます。

「帝国総力」ＶＳ「エオルゼア」で考えると、エオルゼアは勝ち目が無いわけですが、
総力を挙げて攻めにきているわけではありません。

実際のところでは、「ガイウスが抱える部隊のみ」ＶＳ「エオルゼア」
という形になり、優れた機械文明（航空戦力等）と、
現地調達の洗脳兵によってエオルゼアを脅かすことは可能ですが、
攻め落として統治するには人手不足なのです。

そのため、まずはグリダニアに対して、
「帝国」ＶＳ「グリダニア」を意識させるように、拠点を近場に作り、絶えず圧力を掛け続け、
グリダニアの降伏を誘い、次はグリダニアを拠点にして他都市を調略していくのが無難なところだと思います。

ガイウスは総攻撃みたいなものは、考えていないでしょうし、メタ視点からもそれじゃゲームにならないので、
新生のストーリーでガイウス部隊に対して冒険者のグラカン特殊部隊が立ち向かって、
数年越しの陰謀を防いで、ガイウスとお互いを認め合い、エオルゼア攻略を先延ばしにすることが、
ストーリーの本筋になるんじゃないかと予想・・・

ガイウスを完全に討伐すると、強硬派の次の将軍が来て、エオルゼアが蛮神を一杯召喚して対抗、
結果消滅とかなりかねませんしね。
ガイウスは、価値あるエオルゼアを守りたい（しっかり占領して統治したい）と思ってずっと行動していますから、
ネールのような強硬派の帝国軍から、いままで幾度と無くエオルゼアを守ってきていると思います。
†ストーリーもその一つでした。

ということで、ガイウス的には空爆は有効な戦術じゃないので脅し以外では使わないんじゃないかと思います。
なお、「帝国の航空戦力といかにして戦うか」ですが、帝国航空戦力にエオルゼアが立ち向かう術は、
シドの発明とか、魔法・結界とか、帝国の武器を奪い取ってとか、召喚とか、潜入とか、
そういうのがＦＦ的には定番かなと思いますね。
意外と抵抗出来そうじゃないですか？
シドが居れば技術はどうとでもなるのがＦＦなのですからｗ