第一世界、古代、宇宙の果て以前、蒼天にあった不浄の三塔、白亜の宮殿など竜しかいない場所のエーテライトにもそのギルは誰に支払った?と考えるとうーんとなりますね、
なので自分が納得できるように勝手に想像した。

エオルゼア各地ではテレポするたびに整備などの維持費用としてギルが徴収されるので、
我々が冒険者として旅をする中で「エーテライトを使うとなにかを支払わないと」
という慣習・癖・義務感を付けたから、
仮に費用を徴収してくる人がいなくても自発的に過去の経験で距離を大雑把に計算し、
「そのギルと等価のなにか」を支払ったのではないかなと、
ゲーム上はギルを何かに交換し、支払う過程と演出を省略しただけという個人的な解釈。

実はテレポしたあとそのギルで買える量のクリスタルやエーテライトを維持できるなにかで、
その場でエーテライトをメンテナンスなどでもしたのかなと。