確証はありませんが、クィーン呼び出し→攻撃開始までの間に、ターゲットしているMOBにアビリティ（ガウスラウンドorリコショット）でダメージを与える（ウェポンスキルではだめ）
とすればターゲットしているMOBに向かってくれます。
共鳴２層攻略中に主さんと同じことが起きていたので掲示板等で解決策を探していたところ、上記のような記載を見つけ、それ以降は意識して実践してます。

特に気にしてませんでしたが、実践しだしてからは違うMOBに向かうといったことは無くなったと思いますが１００%かどうかはわかりません。
また、機工師スレを全て覗いたわけではないので、実はアビリティの件は間違いだよ　ということであれはその時はすいません。