マテリア練成の錬成度（%）が増えない件。

[Stunner]

横から失礼します。

メインクエストで行くダンジョンの三つ目、カッパーベル銅山内でレベル15装備であるハードレザーグリモア（HQ/マテリア2個装備中）ビギナー装備一式で入ったのですが、どの装備も1%か0%でとどまっておりました。
ダンジョン内でレベルが上がり、21レベルになり装備をダンジョン内で更新しコットン系装備（胴・手・帯）へ変更。
どのタイミングかはわかりませんが、ダンジョンからでて確認すると21レベルの装備は錬成度が上がっておりました。

検証していないので憶測になりますが、パッチノートの内容をそのまま解釈するならば
ダンジョンをコンプリートしたタイミングで装備していたもの「のみ」に対して、錬精度の変動が生じるのだと思います。
もしそうだとすれば途中で着替えた場合、着替える前の装備品には錬精度は入らないのでしょうね。

採取系クラス採掘師で採取した際にも、1%以上には上がっていません。

こちらはどういう状況かは分かりかねますが、
例えば採取対象アイテムのレベルと、装備の装備可能レベルに大きく開きがある場合は
錬精度は変動しないようになっていますので、まずは装備品と採取対象のレベルを確認されると良いかと思います。