Managed to get an answer on this in the german forums, only it doesn't really answer anything...

Quote Originally Posted by Lupopidari View Post
Wir benutzen aktuell den standardisierten Vorgang für Softwareupdates von Sony, die Änderungen an den Systemdateien von FINAL FANTASY XIV werden also von einer Routine von Sony gemacht. Das Spiel selbst schreibt nur Profile und Einstellungen auf die Festplatte. Warum dieser Vorgang nun länger dauert kann ich euch leider nicht beantworten.
"We are currently using Sony's standardised procedure for Software Updates, changes upon the system files of FINAL FANTASY XIV are done via a routine from Sony. The game itself only writes profiles and settings onto the hard drive. Why this process now takes longer than usual, I can't answer."