Emmerololth being male is apparently just an English localization error.
She has female pronouns in French.
Une fois vaincu, notre ennemi n'a pas été en mesure de fuir dans l'interstice dimensionnel. Tout immortelle que fut son âme, elle n'a su résister aux impéteux courants d'énergie déchaînés.
That fixes that (and further confirms the 2.3 scene is a huge mess), but the timeline issue is still baffling.