まったく無知ですが、プログラムの修正パッチを当てるのに
サーバを落として遊べなくする必要があるのでしょうか。

自分のイメージは修正パッチをサーバにアップロードして
ログイン時にパッチをＤＬさせればいいのでは？と思うのですが。
（パッチ当ててるプレイヤーと当ててないプレーヤーが混合しないために、一旦強制ログアウトさせてＤＬさせる仕組み）