ジョブに特徴がほとんど無かったら、
メインジョブなんて絞る必要も無いのではないでしょうか？
そして、新ジョブを追加する利点が見た目の違い以外なくなるどころか、無いほうがいいことになりかねません。

横並びじゃないとハブかれるというのは、
ギミックの回避方法が１つしかないからだと思います。

例えば、ある装置を10秒で破壊しないと全滅というギミックがある場合、
火力の低いジョブが混じっているとクリア不能になり、そのジョブはハブかれますが、
その火力の低いジョブに即全滅は回避できるスキルがあった場合、
クリアの速さを競ってるのではなければ、ハブかれる事態は減ると思います。

難度確保のためにかなりギリギリで調整しなくてはいけないハイエンドを、
このような方法で調整すると、今度は抜け道が多くなり簡単になるでしょうけどね。