過去の記事を見ると、例えば電撃オンラインには、
武器の強化は3.1以降で、
苦労して作ったゾディアックウェポンが無駄にならないよう、
考慮していくつもりですとありますね
http://dengekionline.com/elem/000/000/991/991969/

これ前向きに捉えれば、
あくまで「3.0」では強化クエが無いというだけで、
「3.1」からゾディアックウェポンの続編？とも取れますし、
後ろ向きに考えれば、
3.1から始まるクエストは別の系譜の武器強化だけど、
それの素材として、絡むみたいなパターンも考えられそうですね。
あくまで妄想の範囲ですけど。