消えて攻撃できない間もダメージが入り続けているということは、サンダーなしになった当初からほとんどありませんでした。
PLLでタイタンあたりの例を出されていたように思いますが、タイタンも消えている間はDOTも通っていません。イフにも通りませんし、ガルはDOTが入り続けているときと無敵のときと半々です。
結局、外部ツールのDPS測定の仕様通りに実際のゲーム内でも同様に扱われていると、開発側が勘違いしただけのことだったと思います。

あとコンテしたからといって猛者霊薬の効果がなくなっているということもないと思います。
猛者霊薬つきのDOTを猛者霊薬がないときにベインでばら撒いた場合は、たぶん猛者霊薬はのっていないと思いますが。