んー今までのFFとメインクエストの流れはあまり変わらないんですけどね。
対立軸もほとんど変わらないし。
コンシューマ時代の方がより「悪は悪」として描かれて居ただけでよくよく考えれば
FF2でも帝国兵各々は悪とはいえませんけど打ち倒して来てるはずですし。

逆に言えば、そう行った事を考えていける位の余裕がストーリーにはあると
言う事ではないかと思いますよ。悪を悪として描かない事によって追加される
シナリオに余地を残してるともいえませんかね。
今の段階で帝国や蛮族を完全な悪としてしまうとこの先のストーリーでも
倒すべき敵という位置づけを常に維持する事にならないともいえませんしね。

というか・・・・・英雄と言ってるのは周りであって立場は一介の冒険者。
国家のTOPとの会合に参加できる事が非常に「不相応」なわけで、
ましてや発言権を得るなら其れなりに国に縛られる事になりかねない。
功績と暁への所属で呼ばれてる位の存在でしかないかと。