1つのゲームに2つの異なるバトルシステムが入っていると、
相互に遊ぶ場合に感覚がかなり違ってくるので、ユーザーの利便性、操作性がかなり悪化すると思います。

なので結局「全部のコンテンツを2つのバトルシステムで調整して、どちらでも遊べるようにしろ」という声が上がり、
開発コストのことは開発の人しか判りませんが、結構ひどいことになると思います。