各アイテムは、アイテムレベルによってステータスの上限値が決まっています。HQでもNQでも、アイテムステータスの上限値は同一です。つまり、NQ品を禁断しようとHQ品を禁断しようと、初期のステータスによりマテリアの種類による難易度や自由度は変われどステータスの上限値は決まっているため、より上のアイテムレベルのステータス値を超えられないのです。
なので、アイテムレベルはHQであろうとNQであろうとマテリア禁断であろうと変わらないのでしょう。
HQ品で上限値を上げるべきか? という点についてはアイテムリワードのバランスがあるので判断つきませんが。