正直結論を言えば、元々のバランスで釣り合ってたんですよ。
ただ、妖精が使いづらいから一部の名人しか使いこなせて無かったんですよ。

妖精の使い勝手良くしましたよね？

メディカラ弱体化したらバランス崩壊ですよね？

ケアルに対するケアルラ的なケアルガが死んでますよね？

結果完全版プロテス+ストンスキンを持ち出した所で、完全版ウィルスと様々なシールドスキルを持った学者が勝りますよね？

学者2は無いよねって言われてた立場に白がランクインですよ。
最高パーティが白学も怪しい所ですよね。
白白だよねーって言われてた所に学者が入って見事なバトンタッチですよ。
FFナンバー作品として白魔がこんなひどい扱いされる日が来るとはまったく思って無かったです。